Bà là con gái của pharaon Amenemhat III. Manetho cũng nói rằng bà là em gái của Amenemhat IV, nhưng tuyên bố này chưa được chứng minh. Sobekneferu có một người chị gái tên là Nefruptah vốn được coi là người thừa kế vương vị sau này. Tên Neferuptah đã xuất hiện trên một ấn triện (cartouche) và bà ta còn có kim tự tháp của riêng mình tại Hawara. Tuy nhiên, Neferuptah đã qua đời khi còn trẻ.[2]